Bọn quận Hợp bèn dẫn theo vợ con và quân lính kéo sang Nam Giới, xin vào yết kiến Tiết chế Nguyễn Hữu Tiến, trình bày việc của Trịnh Toàn. Sau khi bàn bạc, Nguyễn Hữu Tiến sai người phi báo cho chúa Hiền. Chúa Hiền Nguyễn Phước Tần cả mừng, truyền lệnh thu nhận bọn quận Hợp, đồng thời sai Nguyễn Hữu Dật biên thư và sai người đi đón Trịnh Toàn, nhưng không kịp.
Truyện thơ Ông Ninh cổ truyện thì cho biết rằng lúc nhận được lệnh triệu hồi. Ba quân cũng cho rằng lệnh này “chẳng hiền”. Nếu như trở về, Trịnh Toàn sẽ bị mất quyền. Quân lính nhao nhao xin “trả nghĩa” cho Trịnh Toàn. Hai viên thuộc tướng là Tường quận và Lệnh quận vì giận, nên trốn sang sông tới gặp chúa Hiền. Chúa Hiền nói với quận Lệnh nếu được Trịnh Toàn về hàng thì sẽ gả con gái cho. Nhưng Trịnh Toàn không đồng ý.
Sử sách của bên Trịnh quả thực có nhắc đến hai thủ hạ của Trịnh Toàn là Trịnh Bàn và Trương Đắc Danh đã trốn sang đầu hàng quân Nguyễn. Điều này khiến quân đội dưới quyền Trịnh Toàn tan rã. Hào quận công Lê Thì Hiến là người đầu tiên rời bỏ Trịnh Toàn, sang đầu hàng doanh Tá Quốc của Phú quận công Trịnh Căn. Một người khác là Đô đốc Thiêm sự Hào quận công Hoàng Nghĩa Chẩn cũng theo gót. Trịnh Toàn thấy tình thế đã vỡ lở, bèn đem voi ngựa và khí giới tới cửa doanh Tá Quốc dâng nộp, xin rũ lòng thương. Phú quận công Trịnh Căn đem lẽ thuận nghịch ra thuyết, rồi nói:
– Việc đã như thế, nên tới cửa khuyết đợi mệnh.
Trịnh Toàn đành trở về kinh đô. Chúa Trịnh Tạc sai đình thần nghị tội. Nhưng cuối cùng chúa Trịnh Tạc không giết, mà chỉ giam Trịnh Toàn vào ngục. Trịnh Toàn ở trong ngục hơn hai chục năm. Cho đến khi quân lính vì không kham nổi đời sống thiếu thốn mà nổi dậy, toan lập Trịnh Toàn làm chúa. Trịnh Toàn bị ban thuốc độc, chết ở trong ngục. Người đời vì Trịnh Toàn mà làm truyện thơ kể về sự tích của chàng, gọi là Ông Ninh cổ truyện. Tên gọi Ông Ninh còn lưu dấu tại nhiều thành lũy cổ ở vùng Nghệ An, Hà Tĩnh.
Giáo sĩ Marini còn nói rằng mệnh lệnh đầu tiên của chúa Trịnh Tạc ban ra khi nắm quyền chính là giảm lương của quân lính. Một người chỉ huy thân tín của chúa có tên đạo Công giáo là Antoine hết sức tức giận. Trong lúc không kiềm chế được, Antoine đã xé tan lệnh chỉ của chúa Trịnh.
Lê Thì Hiến nhờ có công tố cáo Trịnh Toàn, nên được thăng Hữu đô đốc. Ngược lại, Đốc thị Ngô Sĩ Vinh bị bãi hết chức tước, vì cớ làm phụ tá mà không tố cáo. Nhưng người nhà Ngô Sĩ Vinh nói rằng vì ông này dâng khải minh oan cho Trịnh Toàn, nên mới bị trừng phạt. Giờ đây, quyền chỉ huy các quân ở Nghệ An được giao lại cho Phú quận công Trịnh Căn. Thiêm sai Phan Kiêm Toàn làm Đốc thị.
Chúa Hiền Nguyễn Phước Tần nghe tin Thanh vương Trịnh Tráng đã qua đời, thì đích thân ra huyện Thạch Hà, dừng lại ở dinh Vân Cát. Bọn Tiết chế Nguyễn Hữu Tiến ra bái yết. Hữu Tiến bẩm rằng:
– Hiện nay Thanh vương mới mất, trong nước có tang. Chúng thần liệu rằng trong việc chiến đấu, họ ắt lơ là. Hùng binh bốn trấn đã chuẩn bị, lòng người đã thuận tòng. Chính là lúc trời cho, người theo. Mong chúa thượng kéo thẳng qua Đàm Giang, tùy cơ đánh dẹp. Ngõ hầu một lần cử sự, tới thẳng Trung Đô, hợp binh với bốn trấn, nhất tề quét diệt. Đó gọi là “trời cho mà không lấy, trở lại sẽ gặp họa”. Mong thánh thượng suy nghĩ, quyết định, để khỏi đánh mất thời cơ.