Từ chiều ngày 30, tin tức bại trận đã bay về kinh thành. Lê Chiêu Thống cùng các bề tôi thân cận bàn bạc. Vị hoàng đế trẻ quyết định sẽ đi sang Sơn Tây, rồi theo đường thượng du trở về Thanh Hóa – nơi quê cha đất tổ. Ngày xưa Thái Tổ Cao hoàng đế cũng từng trải cảnh “khi Linh Sơn lương hết mấy tuần; khi Khôi huyện quân không một đội”, nhưng cuối cùng chẳng phải cũng nhờ đất Thanh Hóa mà dựng thành nghiệp lớn đó sao? Lê Chiêu Thống liền sai bề tôi là Nội hàn Cung phụng sứ Bùi Dương Lịch thảo chiếu chỉ gửi đi Sơn Tây, gọi hoàng hai là Thanh Nguyên hầu Lê Duy Thiều đem quân về hộ giá.
Nửa đêm, Nguyễn Hữu Chỉnh từ sông Sinh Quyết về tới. Vua Lê Chiêu Thống sai người đi gọi Chỉnh vào bàn bạc, nhưng Chỉnh không vào cung. Sứ giả đi giục đến ba bốn lần, Chỉnh mới sai Tham tri chính sự Nguyễn Khuê vào bẩm báo, xin nhà vua đi sang Kinh Bắc để nương nhờ Trấn thủ Nguyễn Cảnh Thước.
Nguyễn Cảnh Thước là dòng dõi công thần Trung hưng là Nguyễn Cảnh Mô. Cảnh Mô phò nhà Lê đánh lại nhà Mạc, bị quân Mạc bắt, không chịu khuất phục mà đành tử tiết. Nguyễn Cảnh Thước lại từng theo Nguyễn Hữu Chỉnh đem quân vào kinh ủng hộ Chiêu Thống, có thể nói là một người rất đáng tin cậy. Vua Lê Chiêu Thống cũng bằng lòng.
Sứ giả qua lại thì đã sang trống canh năm, trời sắp sáng. Vua Lê Chiêu Thống sai em trai là Lê Duy Lứu hộ vệ mẹ mình, cùng với bà phi Nguyễn Thị Kim và người con trai nhỏ qua sông Hồng trước. Trời tảng sáng, Lê Chiêu Thống ngự ra điện Vạn Thọ. Lòng người lúc này đã tan rã.
Lính thị vệ trốn dần. Các bề tôi trọng yếu cũng từ từ lẻn đi. Trong điện không có một người nào túc trực. Các bề tôi nội thị cũng mạnh ai về nhà nấy thu xếp hành lý. Bên cạnh Chiêu Thống chỉ còn hoàng thân Lê Duy Đạt chỉ huy quân Hổ Bôn, cùng ngoại thích Hân Trung bá, Nội hàn Bùi Dương Lịch và viên tiến triều Nguyễn Khải đứng hầu.
Lúc sắp bỏ kinh đô, vua Lê Chiêu Thống đi sang miếu tiên đế, khóc lạy. Lính Hổ Bôn thị vệ cũng len lén tan hàng. Mọi người nhìn nhau không biết phải làm gì. Nội hàn Bùi Dương Lịch tiến lên tâu với vua:
– Nay Chỉnh tuy tan rã lui về, nhưng thủ hạ của ông ta còn đông, lòng người còn biết kiêng sợ. Xin hãy tuyên bố đi tới nhà Chỉnh, sai Chỉnh theo hầu xa giá. Như vậy lòng người mới có chỗ ràng buộc được.
Vua Chiêu Thống bằng lòng. Bèn rao lớn rằng:
– Xa giá đi sang nhà Bằng công!
Đám lính thị vệ nghe nói như thế, bèn dần dần quay lại. Các bề tôi nội thị cũng lục tục đi theo. Vua Chiêu Thống ngồi trên lưng voi. Bọn Bùi Dương Lịch theo hầu. Ra đến cửa điện, số người đi theo đã lên tới mấy trăm người. Ngoài đường phố, đám bại binh của Nguyễn Hữu Chỉnh chạy về, đang loay hoay chế cờ trắng để chuẩn bị đón quân Tây Sơn.