Để đề phòng quân Tây Sơn vượt qua biên giới tìm bắt gia quyến nhà Lê, Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị hạ lệnh đưa đoàn người của Thái hậu Nguyễn Thị Ngọc Tố tới Nam Ninh. Nam Ninh cách Thủy Khẩu chừng 250km đường bộ. Đó là thủ phủ của Quảng Tây.
Đọc báo cáo từ Lưỡng Quảng gửi về, hoàng đế Càn Long lầm tưởng rằng trong số người chạy sang Thanh có cả vua Chiêu Thống, nên đã đưa ra ba phương án xử lý:
Thứ nhất, nếu các trấn mục nhà Lê có thể tự đánh đuổi quân Nguyễn (tức quân Tây Sơn), đón Chiêu Thống về nước thì hay hơn cả.
Thứ hai, nếu các trấn mục nhà Lê không thể đánh đuổi được quân Nguyễn, nhưng vẫn còn giữ được đất đai và đón Chiêu Thống về, thì phía Thanh sẽ “sắp xếp an trí để cho quốc tộ họ Lê không đến nỗi đoạn tuyệt, cũng không cần hưng sư thì hay hơn cả”. Cách nói này của vua Càn Long dường như ám chỉ sẽ bảo tồn nhà Lê như cách nhà Minh để tàn dư nhà Mạc ở lại Cao Bằng.
Thứ ba, nếu quân Nguyễn chiếm được toàn bộ đất đai nước An Nam thì phải “tập trung binh lực, lên tiếng kể tội để dẹp giặc”.
Tuy nhiên, sau đó, vua Càn Long mới vỡ lẽ rằng không có Chiêu Thống trong đoàn người tị nạn. Về tình hình của nước ta, nhóm Nguyễn Huy Túc, Lê Quýnh, Hoàng Ích Hiểu đã có nói trước với Tri phủ Thái Bình là Lục Hữu Nhân. Theo lời của ba người đó thì tình hình có vẻ khả quan.
Một là, nhiều nơi trong nước còn chưa bị Tây Sơn chiếm giữ. Quân Tây Sơn chỉ khống chế được Lê Thành (tức thành Thăng Long) và các xứ Cao Bằng, Thái Nguyên, Lạng Sơn. Còn Diễn Châu (Nghệ An), Sơn Nam, Sơn Tây, Kinh Nam, Kinh Bắc, Tuyên Quang, Hưng Hóa vẫn chưa chịu đầu hàng, “lòng người vẫn còn nhớ đến chúa cũ nên cũng có thể trông cậy”.
Hai là, thủ lĩnh Tây Sơn rất dễ đối phó. Như lời họ nói: “Nguyễn Nhạc lại là kẻ hung bạo, không có pháp chế gì cả, nếu như Tự tôn có thể nhân chỗ hở mà dấy lên thì giặc Nguyễn chỉ cất tay là bắt được”. Họ đề nghị phía Thanh cho phép để Thái hậu và ấu chúa (con trai Lê Chiêu Thống) ở lại, còn mình sẽ quay về nước để tìm Tự tôn (tức Lê Chiêu Thống).
Nhận được những thông tin này, vua Càn Long càng vững tin vào ba kế sách của mình. Ba kế sách đó đã được Càn Long truyền xuống cho Tôn Sĩ Nghị. Vua Càn Long còn nhắn nhủ với Nghị:
“Huống chi hiện nay là lúc quốc gia toàn thịnh, các xứ Y Lê, Kim Xuyên đều đã bình định, nước An Nam có chuyện soán nghịch như thế thì không thể không đem quân kể tội trừng phạt”
Điều thấy rõ là vua Càn Long đã kiên quyết can thiệp vào công việc nội bộ của An Nam, đồng thời đã sẵn sàng cho một giải pháp quân sự. Tất nhiên, nếu có thể thành công mà không cần động binh vẫn là phương án hay hơn cả.
Còn Tôn Sĩ Nghị lúc này đang trên đường đi Nam Ninh.
Tôn Sĩ Nghị tới Nam Ninh vào ngày 23 tháng 6 năm Mậu Thân (1788). Ông cho triệu sáu người trong số các bồi thần hộ vệ Thái hậu tới gặp. Sáu người đó là Nguyễn Huy Túc, Lê Quýnh, Hoàng Ích Hiểu, Phạm Đình Hoàn, Nguyễn Quốc Đống và Phạm Đình Mai. Thông qua phiên dịch của quan Thông sự, Tôn Sĩ Nghị hỏi han về tình hình nước ta.
Cuộc nói chuyện này chủ yếu là hòng làm rõ tình thế An Nam, để nhà Thanh lựa chọn phương án hành động. Trước đó, Tôn Sĩ Nghị đã đề xuất với Càn Long về kế sách hư trương thanh thế, cho các tỉnh biên giới tập hợp quân đội, đánh tiếng sẽ sang đánh quân Tây Sơn. Nhưng vua Càn Long cho rằng chưa cần làm như vậy.
Thông qua cuộc nói chuyện với nhóm Nguyễn Huy Túc và Lê Quýnh, Tổng đốc Tôn Sĩ Nghị chấp thuận để các tòng thần nhà Lê về nước tìm Tự tôn (Chiêu Thống). Họ lên kế hoạch sẽ chia thành hai nhóm, theo hai đường lẻn về nước.
Nhóm thứ nhất sẽ đi qua Mông Tự tỉnh Vân Nam, còn nhóm thứ hai theo đường biển Long Môn ở Quảng Đông để về nước. Nhưng Tôn Sĩ Nghị quan liêu, không cho các bề tôi nhà Lê xuất phát ngay, mà phải đợi tâu lên vua Càn Long rồi đợi chỉ dụ chấp thuận. Sự việc vì vậy bị kéo dài. Vua Càn Long đã gửi dụ trách Sĩ Nghị “không cần câu nệ như thế”.
Riêng Tôn Sĩ Nghị vẫn còn kiên trì kế hoạch hư trương thanh thế. Lúc trước ông ta trù tính cho tập trung binh lực ở ba hướng: phủ Liêm Châu ở Quảng Đông, phủ Thái Bình ở Quảng Tây và hai phủ Khai Hóa, Lâm An ở Vân Nam; sai quân thao luyện, nói phao rằng sẽ chia đường tiến vào nước ta, đồng thời phát hịch dụ các trấn mục trong nước tới đầu hàng, cùng đánh quân địch, “bắt trói Nguyễn Nhạc giải giao cho thiên triều”. Tôn Sĩ Nghị còn khẳng định rằng: “Nếu tính theo toàn lực đất An Nam mà luận, thật không thể nào đương cự nổi bốn lộ quân của ba tỉnh chúng ta”.
Sau này, khi quân Thanh kéo vào đất nước, một số sử liệu Việt Nam có nói đến cánh quân thủy của nhà Thanh. Ghi chép đó có lẽ là dựa theo tính toán lúc đầu này của Tôn Sĩ Nghị. Trên thực tế, các báo cáo của nhà Thanh không đề cập gì đến cánh thủy quân.
Sau khi nói chuyện với nhóm Hoàng Ích Hiểu và Lê Quýnh, đồng thời nhận được dụ chỉ của vua Càn Long về ba kế sách dự trù, Tôn Sĩ Nghị chủ trương nên can thiệp ngay chứ không nhìn ngó tình hình rồi mới hành động – theo như tính toán của vua Càn Long. Ông ta lập luận rằng nếu để “Nguyễn Nhạc đã có toàn cõi An Nam, khí cục đã thành, nội địa sẽ phải phí rất nhiều binh lực, không thể sớm thành công, rút về cũng đã trễ”. Tôn Sĩ Nghị tiếp tục kiến nghị điều động binh lính các tỉnh, đánh tiếng là sẽ chia đường kéo vào nước ta. Tôn Sĩ Nghị cũng đoán trước phản ứng của phía Tây Sơn:
Thần cũng nghe rằng Nguyễn Nhạc tuy cực kỳ hung hãn nhưng cũng hơi biết sự thể, tự hỏi có bao nhiêu lực lượng mà dám kháng cự vương sư, ắt sẽ bỏ Lê thành chạy trốn về sào huyệt ẩn náu để tránh mũi nhọn các lộ, chờ lúc An Nam sơ hở.
Diễn biến sự việc sau đó cho thấy Tôn Sĩ Nghị đoán đúng hoàn toàn. Có điều, ông ta tính sai ở một điểm. Đối thủ của Tôn Sĩ Nghị không phải Nguyễn Nhạc, mà là một vị tướng nhiều kinh nghiệm Nam chinh Bắc chiến.
Để thực hiện kế sách này, Tôn Sĩ Nghị đề nghị vua Càn Long “phái một đại thần”, “đem theo Ba đồ lỗ” tới Lưỡng Quảng. Ba đồ lỗ là phiên âm của chữ Baturu – danh hiệu dành cho các dũng sĩ nhà Thanh. Tuy vậy, đề nghị này bị vua Càn Long bác bỏ. Vua Càn Long cho rằng phái đại thần đem theo Ba đồ lỗ thì cũng chẳng khác gì động binh. Xét tình hình nước ta hiện tại, Càn Long cho rằng “không phải phiền đến binh lực của ta”.
Càn Long được báo cáo rằng phía nhà Lê “văn võ các lộ chưa theo giặc, không dưới 200 người, quân dân cũng vài ba vạn, xem ra cũng đủ lực lượng tính chuyện khôi phục”. Sự việc lần này Tôn Sĩ Nghị có thể lo liệu được. Nếu Nghị không giải quyết được, vua Càn Long sẽ cho người khác đến thay. Riêng kế sách tập trung binh lực ở ba tỉnh Quảng Đông, Quảng Tây và Vân Nam để phô trương thanh thế thì được chấp nhận. Vua Càn Long thông báo cho Tổng đốc Vân Quý là Phú Cương lo liệu mặt Vân Nam; ở Lưỡng Quảng thì do Tôn Sĩ Nghị tự quyền điều động.
Vào lúc này, Tôn Sĩ Nghị đã cự tuyệt sứ giả Tây Sơn, ném văn thư của Tây Sơn qua bờ tường. Cũng tháng 7 đó, nhóm 6 người của Nguyễn Huy Túc, Lê Quýnh chia hai đường trở về nước. Họ phải trả lời một câu hỏi mà phía Tây Sơn cũng đang hỏi: Tự tôn (Chiêu Thống) đang ở đâu?
