Trong cuộc “Du khảo một số di tích lịch sử – văn hóa ở Sài Gòn và các vùng phụ cận” năm 1998, GS. Trần Quốc Vượng luôn suy nghĩ về di sản văn hóa và thành phần tộc người ở Đồng Nai – Biên Hòa – Sài Gòn – Gia Định xưa. Như thầy viết:
“Trước, trong và sau tuần lễ du khảo, chúng tôi đọc đi, đọc lại những Trương Vĩnh Ký, Vương Hồng Sển, Minh Hương, Huỳnh Ngọc Trảng… các nhà văn – học giả, nhà nghiên cứu tài danh của Nam kỳ lục tỉnh, của Ngũ Quảng đã tạo nên hương hoa bản sắc Sài Gòn”.
Bài nghiên cứu – bút ký của ông về cuộc du khảo này là một trong những bài thể hiện tư duy liên ngành mà những học trò ở Nam Bộ đã học được từ thầy.
Khi chúng tôi đang khai quật di tích Lò gốm cổ Hưng Lợi, ông đã đến thăm và nhận định:
“Nét đặc sắc của khảo cổ học lịch sử TP.HCM 300 năm là việc phân lập và nghiên cứu “Gốm Sài Gòn” (trước, Tây và ta chỉ gọi là Gốm Cây Mai) với cả sản phẩm gốm và các lò gốm của nó ở xứ Lò Gốm – Rạch (Lò) Gốm bao trùm mấy quận nội thành”
Từ những kết quả nghiên cứu đầu tiên về Di tích Lò gốm cổ Hưng Lợi, thầy đã nhận xét:
“Áp dụng cách tiếp cận liên ngành đi điền dã ở Lái Thiêu – Bình Dương – Sông Bé… thăm các lò gốm của người Hẹ, người Quảng Đông… Cuối cùng tìm thấy ngay ở quận 9 nơi chợ nhỏ Hiệp Phú (Thủ Đức cũ) rẽ vào phường Long Trường (Long Thạnh Mỹ cũ) một lò lu hiện đại (1954-1966) có cấu trúc giống hệt “Lò gốm Hưng Lợi” quận 8. Đây là một thành công thể nghiệm cách tiếp cận liên ngành nhân học văn hóa, bao gồm cả khảo cổ học và dân tộc học”.
Cũng bằng tư duy liên ngành, GS. Trần Quốc Vượng đã dẫn dắt người đọc đi từ Bắc, qua Trung vào Nam, từ “phân vùng địa lý tự nhiên” đến “địa lý nhân văn” không gian văn hóa, từ các di chỉ khảo cổ thời Đá cũ, Đá mới đến các cộng đồng dân cư cổ, từ ngôn ngữ của các tộc người đến lịch sử, từ tín ngưỡng dân gian đến huyền tích… Tất cả tưởng là tản mạn không có gì liên quan, nhưng với khả năng “mẫn cảm khoa học”, thầy đã chỉ ra mối liên hệ giữa những vấn đề khác nhau, qua đó có thể nhận thấy văn minh – văn hiến Đông Nam Á nhìn chung là kết quả tác động qua lại giữa các yếu tố nội sinh và các yếu tố ngoại sinh. Phía Bắc (Âu Lạc, Việt cổ) – Trung (Champa cổ) – Nam (Phù Nam cổ) đều cùng chung một mô hình huyền tích khởi nguyên là sự kết hợp giữa yếu tố núi (nội địa) và biển (bên ngoài), hai địa hình phổ biến ở khu vực Đông Nam Á.
Những huyền tích từng được nhiều người biết đến, và cũng chỉ hiểu/coi là huyền tích, khi đặt trong mối liên hệ văn hóa – ngôn ngữ – khảo cổ – cổ sử… bỗng “nhìn thấy” một cái gì đó của quá khứ. Những “mảnh vỡ” lấp lánh của huyền tích, thần thoại, truyền thuyết tuy chưa phải là “lịch sử” nhưng nó phản ánh ít nhiều “sự thật” trong quá khứ, qua quá trình khái quát hóa lâu dài rồi được lịch sử ghi chép lại những gì cô đọng và bền vững nhất.