Còn về thuế phải nộp thì ta sẽ thân hành đi lấy lại các tỉnh của ta cùng với đạo binh ta!
Ở kỳ 1, ta đã chứng kiến cơn thịnh nộ của chúa Trịnh Tráng khi ông ta quyết định dẫn theo vua để trị tội chúa Nguyễn. Để đối đầu với quân Trịnh, giáo sĩ người Ý là Cristoforo Borri sống ở Đàng Trong vào thời điểm đó ước lượng chúa Sãi có thể huy động đội quân tối đa 8 vạn người. Chúa Sãi có lực lượng pháo binh mạnh nhờ tịch thu pháo trên các tàu đắm của người Bồ Đào Nha và Hà Lan.
Người Đàng Trong tinh xảo và có kinh nghiệm sử dụng hỏa khí. Họ vượt cả người châu Âu, đến nỗi họ chẳng làm gì khác mà chỉ ngày ngày bắn đạn giả và rất lấy làm hãnh diện.
Bộ binh chúa Sãi được trang bị súng. Đồng thời họ cũng sử dụng các thanh katana nhập từ Nhật Bản với nước thép tốt. Lực lượng kỵ binh sử dụng giống ngựa thấp bé nhưng rất can đảm, ngày ngày được thao luyện cưỡi ngựa và bắn nỏ. Lực lượng thủy quân bao gồm hàng trăm thuyền chiến được trang bị súng đại bác và súng musqueton.
Nhằm bù đắp chênh lệch về lực lượng, chúa Sãi tiến hành củng cố phòng thủ lãnh thổ. Thủ phủ của chúa Sãi được dời xa hơn về phương Nam, tới xã Phước Yên, nằm trên một khúc quanh của sông Bồ. Một chiến lũy sơ khai được bố trí ở phía Nam sông Nhật Lệ. Cửa biển được bố trí dây xích và cọc sắt nhằm ngăn thuyền chiến Trịnh đổ bộ từ cửa biển.
Sông Nhật Lệ là chướng ngại đầu tiên trên con đường xâm nhập vào lãnh thổ chúa Nguyễn. Hai đường bộ từ Bắc vào Nam hợp lại ở con sông này và chạy dọc theo dòng. Chúa Nguyễn có thể dùng thủy quân để khống chế sự xâm nhập của bộ binh Trịnh. Vì vậy, Nhật Lệ là địa điểm trước hết mà quân Trịnh phải vượt qua được để tiến vào thủ phủ Phước Yên.
Để phô trương thanh thế, phía Nguyễn còn cho dựng nhiều hình nộm mặc quần áo người Bồ Đào Nha cầm gậy hoặc súng giả trên đỉnh núi ở biên giới. Mưu kế này có hiệu quả. Alexandre de Rhodes được báo rằng chúa Trịnh Tráng tỏ ra bực tức vì người Bồ Đào Nha tham chiến bên phe chúa Sãi.
Kỷ luật và chiến thuật quân sự ở Đàng Trong tương đối giống với châu Âu trong cách dàn quân, chiến đấu và rút quân.
Trận giao chiến mở màn nổ ra vào nửa cuối tháng Ba âm lịch năm Đinh Mão (1627). Bên phía Nguyễn, chúa Sãi cử lão tướng Nguyễn Phước Vệ làm Tiết chế bộ binh, lão tướng Trương Phước Da làm phó. Thủy quân do người con trai thứ tư của chúa Sãi là Nguyễn Phước Trung làm tiết chế, để hỗ trợ cho bộ binh. Nguyễn Phước Vệ là người chỉ huy cuộc chiến chống quân bạo loạn của Phước Hiệp và Phước Trạch năm 1620. Đi cùng ông là một văn chức 24 tuổi với vai trò Giám chiến – đó là Nguyễn Hữu Dật, một người lắm mưu nhiều kế. Nguyễn Hữu Dật sẽ trở thành một trong hai nhân tố chủ chốt giúp các chúa Nguyễn đối đầu với lực lượng nhà Trịnh.
Ở trận tuyến bên kia là lực lượng tiên phong của lão tướng Đăng quận công Nguyễn Khải, một viên tướng đã nổi danh từ năm 1594. Quân Nguyễn quyết định không phòng ngự mà vượt sông đón đánh đối phương. Dùng lợi thế pháo binh, quân Nguyễn đẩy lùi bộ binh Trịnh. Tướng tiên phong của Trịnh là Lê Khuê cưỡi ngựa xông sang phía trận địa quân Nguyễn. Điều này thôi thúc các tướng Mã đội khác của Trịnh phát động tiến công. Cuộc phản công của kỵ binh Trịnh khiến quân Nguyễn lâm vào thế bất lợi và phải rút lui xuống thuyền.
Quân Trịnh lập được doanh trại ở bờ Bắc sông Nhật Lệ. Nhưng vào ban đêm, thủy quân của Nguyễn Phước Trung tham chiến. Lợi dụng nước triều lên, chiến thuyền quân Nguyễn nã pháo vào doanh trại quân Trịnh, gây cho họ nhiều rắc rối, nhưng không đủ để đánh bại họ. Hai bên ở vào thế cầm cự cho đến khi đại quân Trịnh đến nơi.
Ngài đã chuẩn bị một sư đoàn hoàn bị và hùng mạnh trên biển, còn trên đất có tới hai mươi nghìn người.
Trung tuần tháng Tư năm Đinh Mão (1627), chúa Trịnh Tráng đưa Lê Thần Tông cùng với lực lượng quân thủy bộ chủ lực tới cửa Nhật Lệ. Quân Trịnh lập tức phát động tổng tấn công. Thủy quân Trịnh phải đánh bại thủy quân Nguyễn nhằm yểm trợ cho bộ binh vượt sông Nhật Lệ. Một cuộc đấu pháo dữ dội nổ ra giữa chiến thuyền hai bên ở ngoài cửa biển. Đồng thời, bộ binh Trịnh ở bờ Bắc cũng dùng pháo bắn quân Tả Thủy của Nguyễn bên trong sông Nhật Lệ, khiến họ phải lui về phòng thủ sau những lớp cọc rào phòng ngự.
Cuối cùng, một phần thủy quân Trịnh tiến được vào cửa biển. Nhưng họ lại lọt vào trong bãi cạm bẫy, nơi quân Nguyễn có bố trí sẵn dây chão và cọc nhọn bên dưới mặt nước. Bẫy dây chão làm lật một số thuyền và bãi cọc sát thương nhiều binh sĩ không may rơi xuống nước.
Alexandre de Rhodes áng chừng có khoảng 3000 quân Trịnh bị tổn thất theo cách như vậy. Tuy nhiên, một lượng lớn quân Trịnh vẫn vượt qua được bãi cọc và đổ bộ lên bờ Nam. Quân Trịnh phá vỡ thế trận của quân Nguyễn, buộc địch phải rút lui, bỏ lại nhiều của cải. Việc này làm chậm thế tiến công vì lính Trịnh tranh nhau nhặt những gì quân Nguyễn bỏ lại. Nguyễn Phước Vệ đáp trả bằng cách phát động một cuộc tiến công bằng tượng binh, đẩy lui tiền quân của Trịnh. Chiến sự kết thúc với việc quân Trịnh vượt qua được bờ Nam sông Nhật Lệ.
Đêm đó, Trịnh Tráng cùng vua Lê Thần Tông đóng quân ở cửa biển. Bộ binh Trịnh đóng ở hai bờ sông còn chiến thuyền đậu ở trên mặt nước. Một cầu nổi làm bằng những thuyền buồm lớn đậu nối nhau được thiết lập để bảo đảm liên lạc giữa hai bờ.
Rày lại đánh nhau cùng Kẻ Quảng. Song le chửa biết đời trị loạn, thì chửa có tra vào sách.
Sau khi quân Trịnh thành công vượt được sông Nhật Lệ, chúa Trịnh Tráng đã có một quyết định hết sức bất ngờ: Ông cho toàn quân rút lui! Đây là một quyết định vô cùng khó hiểu trong lịch sử chiến tranh Trịnh – Nguyễn.
Trịnh Tráng ngay lập tức sai người soạn thư gửi cho chúa Sãi. Chỉ bốn ngày sau chiến thắng Nhật Lệ, toàn bộ quân Trịnh rút lui. Nguyễn Phước Trung dẫn thủy quân Nguyễn bám theo sau quân Trịnh đến tận sông Gianh rồi cũng quay về.
Alexandre de Rhodes đi cùng Trịnh Tráng trong chuyến hành trình quay về kinh. Ông này cho biết có bốn lý do khiến Trịnh Tráng bỏ cuộc: sức chống cự đáng kinh ngạc của quân Nguyễn, lo lắng về những chướng ngại mới trên đường tiến đến thủ phủ của chúa Nguyễn, nguy cơ cạn kiệt lương thực và lo lắng về khả năng nổi loạn của một số tướng lĩnh bên mình. Trong các yếu tố đó, de Rhodes cho rằng thiếu lương thực là nguyên nhân quan trọng nhất. Trịnh Tráng chỉ chuẩn bị lương thực và quân nhu đủ dùng trong khoảng ba bốn tháng.
Ngài đã thất bại vì mộ quân quá nhiều nên không đủ lương thực nuôi họ.
Ngược lại, bên phía Nguyễn nhấn mạnh việc Trịnh Tráng lo sợ một cuộc bạo loạn từ bên trong. Chính Nguyễn Hữu Dật đã bày kế cho gián điệp phao tin Trịnh Gia và Trịnh Nhạc đang mưu toan làm loạn ở Thăng Long. Thông tin này đã khiến Trịnh Tráng bỏ dở chiến dịch và vội vã rút quân về. Dù sao thì Trịnh Tráng cũng về kịp để chống lại cuộc tập kích của họ Mạc khi nghe tin Thăng Long bị bỏ trống.
Trận đánh Nhật Lệ năm 1627 là trận đầu tiên trong chuỗi bảy lần đại chiến giữa hai bên Trịnh – Nguyễn. Quân Nguyễn đã chứng minh mình là đối thủ đáng gờm của quân Trịnh vốn quen mùi chiến thắng. Thất bại tại Nhật Lệ cũng chỉ ra những điểm yếu trong phòng ngự của chúa Nguyễn. Chúa Sãi sẽ tiếp thu kiến nghị của Đào Duy Từ, cho xây chiến lũy Trường Dục ở hữu ngạn sông Rào Đá, rồi sau đó đắp lũy Nhật Lệ, biến nó thành cứ điểm vững chắc bảo vệ Đàng Trong.
Đào Duy Từ còn đưa ra nhiều chiến thuật mới trong việc phòng thủ. Khi quân Trịnh trở lại vào năm 1633, họ không còn lặp lại được thành tích của lần chinh phạt trước. Hệ thống chiến lũy Nhật Lệ – về sau được biết đến với tên gọi lũy Thầy – trở thành bức tường thành vững chắc bảo vệ Đàng Trong; cho đến khi binh lính Nam Hà mở toang cửa lũy để đón quân Hoàng Ngũ Phúc vào năm 1774.
