Tổng chi phí xây dựng tuyến đường rơi vào khoảng 69 triệu francs, trung bình 148.000francs/km. Con đường được khánh thành vào ngày 2 tháng 10 năm 1913 sau gần 10 năm xây dựng. Toàn trục chính của con đường đi qua 52 điểm dừng bao gồm: 2 ga đầu mút, 4 ga chính, 37 ga xếp và 9 điểm dừng. Trừ một số đoạn nhánh như Krongpha – Đà Lạt và Sài Gòn – Lộc Ninh thì về cơ bản 3 tuyến đường sắt quan trọng để kết từ Hà Nội đến Sài Gòn đã cơ bản được hoàn thành trước Thế chiến thứ Nhất.
So với kế hoạch ban đầu thì về cơ bản những mục tiêu của Paul Doumer đề ra đã cơ bản đạt được. Tuy vậy, về mặt kinh tế thì ba tuyến đường này đã khiến chính phủ Pháp phải chi một mức phí khá cao so với mặt bằng chung của một tuyến đường sắt. Sở dĩ có tình trạng này xảy ra chủ yếu là do việc tuyến đường thi công thường xuyên bị đội giá mà nguyên nhân chủ yếu đến từ những tranh chấp từ cả phía chính quyền và phía nhà thầu. Bên cạnh đó việc thi công tuyến đường cũng diễn ra vô cùng chậm chạp mà nguyên chủ yếu đến từ việc nghiên cứu thăm do địa hình không kỹ, thiên tai, lũ lụt, thiếu nhân công,..
Về kỹ thuật, sau khi hoàn thành, thì toàn bộ ba tuyến chính của tuyến đường sắt Đông Dương đều chạy theo khổ đường ray 1m – loại đường ray phổ biến tại châu Âu lúc bấy giờ. Các đầu máy và toa xe cũng đều được nhập khẩu trực tiếp từ chính quốc Pháp và đều thuộc vào loại hiện đại so với công nghệ đường sắt thời đó. Việc khai thác nguồn lợi của con đường cũng giống như nhiều dự án đường sắt cùng thời, Transindochinois cũng hoạt động dưới hình thức hoàn thành đến đâu thì khai thác đến đó. Các tuyến của con đường này đều được lần lượt đưa vào khai thác từ năm 1903 đến năm 1918.
Trong những năm tiếp theo, các tuyến đường sắt còn lại vẫn tiếp tục được xây dựng nhằm hoàn thiện dự án Transindochinois. Dù vậy, khi chính phủ Pháp tiến hành xây dựng thêm tuyến đường từ Đông Hà đến Vinh thì nguồn tiền 200 triệu francs được vay từ 1898 đã cạn. Để giải quyết vấn đề trên thì vào ngày 26 tháng 12 năm 1912, Tổng thống Pháp đã ký kết đạo luật cho phép Đông Dương vay thêm 90 triệu francs để hoàn thành tuyến đường. Tuy nhiên, việc thi công tuyến đường này gặp phải nhiều khó khăn.
Thế chiến thứ Nhất bùng nổ kéo cả nước Pháp lẫn Đông Dương vào cuộc chiến. Công trình và dự án Transindochinois bị đình trệ. Sau khi chiến tranh kết thúc, các tuyến đường tiếp tục được xây dựng và khai thác mạnh mẽ hơn để bù đắp thiệt hại gây ra từ cuộc đại chiến. Đến năm 1929, vì quan ngại vấn đề kinh tế của Xiêm La đối với 2 thuộc địa Lào và Campuchia, chính phủ Pháp quyết định xây dựng thêm một tuyến đường sắt Đông Dương mới tại 2 thuộc địa này.
Thế nhưng, kế hoạch nhanh chóng “phá sản” không lâu sau đó bởi cuộc đại khủng hoảng kinh tế 1929 – 1930. Phần còn lại của dự án này được chuyển sang tu sửa và hoàn thiện tuyến đường sắt Đông Dương tại Việt Nam. Đến năm 1936, sau gần 36 năm xây dựng, toàn bộ tuyến đường sắt Đông Dương được hoàn thiện và tiêu tốn của chính phủ Pháp đến 678.2 triệu francs.