Nay thần đã có đầy đủ kế sách hay, coi trăm vạn hùng binh của quân Bắc như đàn ong bầy kiến, chẳng có gì đáng sợ!
Trận chiến năm 1627 giữa Trịnh và Nguyễn đã bộc lộ sự chênh lệch về mặt binh lực giữa hai bên. Điều này đòi hỏi chúa Nguyễn Phước Nguyên phải tăng cường xây dựng các công trình phòng thủ để ngăn chặn bước tiến của quân Trịnh. Năm 1630, Đào Duy Từ kiến nghị chúa Nguyễn Phước Nguyên đắp lũy Trường Dục.
Lũy này bắt đầu từ núi Trường Dục ở lưu vực sông Long Đại, men theo phía Nam sông này về hướng Đông, rồi ngoặt về Nam đến khu vực phá Hạc Hải. Lũy Trường Dục (còn có tên là lũy Hồi Văn 廻文) là phòng tuyến bảo vệ phía Nam sông Nhật Lệ, đề phòng khi quân Trịnh vượt qua được phòng tuyến Nhật Lệ như năm 1627.
Cũng trong năm 1630, sau khi đắp xong lũy Trường Dục, chúa Nguyễn Phước Nguyên sai quân đánh úp Nam Bố Chính, chiếm lấy kho tàng, biên dân làm lính. Chúa Nguyễn sai lập dinh Bố Chính, cho Trương Phước Phấn làm Trấn thủ. Từ đó, phòng tuyến của quân Nguyễn mở rộng lên sông Gianh.
Năm 1631, chúa Nguyễn Phước Nguyên tiếp nhận kiến nghị của Đào Duy Từ, cho đắp lũy Nhật Lệ, trên từ núi Đâu Mâu ra đến cửa biển Nhật Lệ. Phía Bắc lũy có sông Nhật Lệ làm hào. Lũy dài hơn 3000 trượng (hơn 12 ki-lô-mét), cao 1 trượng 5 thước (tức 6 mét).
Mặt ngoài lũy đóng cọc gỗ lim, bên trong đắp đất chia thành năm bậc cấp, voi và ngựa có thể đi được. Cứ cách 1 trượng (4 mét) có đặt một khẩu quá sơn pháo, cách 3 trượng hoặc 5 trượng (12 mét hoặc 20 mét) dựng một pháo đài, trên đó đặt một khẩu cự môn pháo (pháo nòng lớn), tích trữ nhiều thuốc súng và đạn dược.
Đại Nam thực lục cho biết công trình chỉ được thực hiện trong “vài tháng”, nhưng Phủ biên tạp lục của Lê Quý Đôn lại nói rằng việc đắp lũy kéo dài đến năm 1632 mới xong.
Năm 1633, Trịnh Tráng một lần nữa rước vua Lê Thần Tông, đem đại quân vào đóng ở cửa Nhật Lệ. Lần này Trịnh Tráng phát binh vì hy vọng có sự nội ứng của Nguyễn Phước Anh – con trai thứ ba của chúa Sãi Nguyễn Phước Nguyên, hiện đang làm Trấn thủ Quảng Nam. Nguyễn Phước Anh vì muốn tranh quyền kế vị với anh trai là Nguyễn Phước Lan, nên đã bí mật viết thư gọi quân Trịnh đến, và tình nguyện làm nội ứng.
Để đối phó với quân Trịnh, chúa Sãi sai Đại tướng Nguyễn Mỹ Thắng và Đốc chiến Nguyễn Hữu Dật đem quân ra tiếp ứng cho Trấn thủ Quảng Bình là Nguyễn Phước Kiều. Nguyễn Phước Kiều xin đóng cọc để bảo vệ cửa biển Nhật Lệ. Nguyễn Hữu Dật thì xin được đắp lũy Trường Sa để bảo vệ cho lũy chính ở Nhật Lệ.
Tuyến phòng thủ vững chắc của quân Nguyễn khiến cho Trịnh Tráng càng e dè. Trịnh Tráng sai nổ súng để làm hiệu cho nội ứng Nguyễn Phước Anh hành động. Nhưng Nguyễn Phước Anh đang ở tận Quảng Nam, căn bản không làm sao nghe được tiếng súng nổ. Trịnh Tráng đành phải cho quân lui ra xa để chờ đợi.
Quân Trịnh đóng quân bất động suốt hơn 10 ngày. Quân Nguyễn tổng công kích, tiền quân Trịnh tự tan vỡ. Trịnh Tráng cuối cùng phải rút quân.
Hai năm sau, tức năm 1635, chúa Sãi Nguyễn Phước Nguyên qua đời. Con trai ông là Nguyễn Phước Lan lên kế vị. Đó là chúa Thượng.
Năm 1643, Trịnh Tráng một lần nữa phái quân Nam chinh. Tiền quân Trịnh của Tiến Lộc hầu Lê Văn Hiểu nhân đêm đánh úp được chiến lũy Trung Hòa của quân Nguyễn ở phía bắc sông Gianh. Người lập công đầu trong cuộc tập kích này là Chánh đội trưởng Lê Thì Hiến – một đối thủ khó chịu sau này của các tướng Đàng Trong. Nhờ chiến công này, Lê Thì Hiến được thăng chức Tả hiệu điểm, phong tước hầu.
Dù chiến thắng như vậy, quân Trịnh lại phải dừng lại ở cửa Nhật Lệ. Ngay cả khi Trịnh Tráng đích thân dẫn quân đến, trao phương lược cho các tướng, quân Trịnh vẫn không có được một trận đánh đáng kể nào vào hệ thống lũy Nhật Lệ.
Sau mấy tháng chôn chân ở châu Bố Chính, Trịnh Tráng ra lệnh thu quân vì “trời nóng nực”. Lê Thì Hiến một lần nữa chứng tỏ tài năng của mình. Đoán biết quân Nguyễn sẽ truy kích, Lê Thì Hiến đặt phục binh ở nơi hiểm yếu, đánh bại được truy binh, chém được một tỳ tướng của quân Nguyễn.
Hai lần Nam chinh năm 1633 và 1643 đều thất bại. Quân Trịnh không thể tấn công vào hệ thống lũy Nhật Lệ. Samuel Baron nói rằng việc tiến công những chiến lũy như vậy là nhược điểm của lính Đàng Ngoài.
Khi tiến sát biên giới Đàng Trong, tận mắt thấy những đồn lũy, kênh hào … và nếu lỡ đâu có dăm ba binh sĩ bỏ mạng vì bệnh tật ốm yếu, cùng lúc lọt vào tầm nghe thấy tiếng hò hét thị uy của quân địch, trong hàng ngũ của họ sẽ bắt đầu rên rỉ: “Đây là một cuộc chiến tàn khốc đẫm máu”, và rồi sẽ có những cảnh quay đầu tháo chạy thật nhanh, chỉ mong được về nhà.
Một điểm chung nữa của hai thất bại này là ở người đứng đầu – Trịnh Tráng. Về mặt chỉ huy quân sự, Trịnh Tráng tỏ ra không bằng được cha ông mình là Trịnh Tùng và Trịnh Kiểm. Tài năng quân sự của Trịnh Tráng khá giống Ngụy chủ Tào Phi thời Tam quốc. Khi Trịnh Tráng không đóng vai trò chỉ huy, quân Trịnh liền có thể xuyên phá chiến lũy của quân Nguyễn. Nhưng họ sẽ hối hận về chiến tích đó.
