Phạm Quý Thích đem việc bẩm lên. Bình chương sự Phạm Đình Dư tán thành. Chiêu Thống bèn ban chiếu cầu lời nói thẳng.
Tình hình chính sự lúc đó vô cùng rối ren. Chính Lê Duy Đản sau này tổng kết: “Đã về kinh rồi, bọn tiểu nhân đa phần nhờ công lao đi theo, cậy sủng chuyên quyền, chính lệnh không thống nhất. Bậc thức giả biết là không thể làm gì. Chẳng ai nắn sửa được… Tổng đốc bị hạ quan dẫn dắt. Lại có tướng giặc là Phan Khải Đức trá hàng, ngày ngày phát tán tin đồn, tiến hành li gián, lời của thần dân nước ta không được đưa lên”
Bản thân Phạm Quý Thích cũng lo ngại. Ông dâng sớ nói rằng: “Bệ hạ về nước đã được gần một tháng, chưa từng làm được một việc gì. Địch nay như thế, sợ sẽ nguy trong sớm tối”
Vậy Lê Chiêu Thống phải làm gì?
Tôn Sĩ Nghị thì đang trù tính tiếp tục tấn công xuống phía Nam. Trong những báo cáo đầu tiên gửi về triều, ông ta nhận định “nếu đại quân không ra thì các nơi trông ngóng mòn mỏi sẽ không vì họ Lê mà cố gắng khôi phục”. Tôn Sĩ Nghị xin vua Càn Long “soi xét tình hình, ra lệnh quan quân tiến đánh để người Di biết phải đi theo hướng nào”.
Tôn Sĩ Nghị tính toán sẽ đưa quân theo hai đường thủy bộ. Nhưng thuyền đi biển đều đã bị Ngô Văn Sở đưa đi. Vì vậy, Nghị phải cố kiếm cho được 40 chiếc thuyền cỡ trung, để chở tầm 2000 quân. Được như vậy thì có thể tiến quân.
Một vấn đề khó khăn khác là cung ứng lương thực. Tôn Sĩ Nghị tính rằng từ Thăng Long tới lãnh địa Tây Sơn lúc xưa phải đi tới 61 ngày, phải thiết lập hơn 50 trạm chứa lương thực. Lúc mới tiến quân, từ Nam Quan tới Thăng Long, nhà Thanh lập 17 đài lương để vận chuyển lương thực từ Lưỡng Quảng tới, “lo được cũng đã kiệt quệ”. Nếu phải chở từ Lưỡng Quảng tới Phú Xuân thì càng khó khăn hơn. Vì vậy, Tôn Sĩ Nghị chuẩn bị lương thực ngay tại Lê Thành.