Chúa Nguyễn Phúc Chu lên thay Phúc Thái. Đến năm 1698, ông khởi động lại chương trình Nam Bộ, bắt đầu bằng việc xây dựng hệ thống hành chính trên vùng đất nay là Biên Hoà và Sài Gòn (lập phủ Gia Định) với tổng dân số 40.000 hộ dân. Ước tính mỗi hộ 4 người thì là khoảng 160.000 – 200.000 người.
Chi tiết này giúp ta biết được, sau cuộc chiến 1688 – 1690, thực tế chúa Nguyễn đã chiếm được những vùng đất nào. Nhưng đáng chú ý, là ngoài vùng đất trên, Đại Nam thực lục còn đề cập đến Trần Thượng Xuyên (1 trong 3 lãnh tụ Trung Quốc từ thời 1679) đóng ở Doanh Châu (Vĩnh Long) cũng theo về chúa Nguyễn. Qua chi tiết này, có thể thấy, chúa Minh bên cạnh trực trị, còn mở rộng ảnh hưởng và thu nạp các thế lực địa phương ở Nam Bộ khi đó, với mục tiêu “đồng hoá” dần dần, từ cạnh tranh đến hất cẳng luôn ảnh hưởng của Chân Lạp khỏi vùng đất.
Đương nhiên, phía Chân Lạp không chịu. Chỉ 1 năm sau (1699), Nặc Thu – vua Chân Lạp, cũng là người tổ chức chiến đấu và đàm phán chống lại chúa Nguyễn trong cuộc chiến 1688 – 1690 – bắt đầu đắp lũy và triển khai quân đánh lại chúa. Chiến tranh nổ ra. Sau 1 năm, quân Nguyễn đánh thẳng đến kinh thành Phnom Penh. Cha con vua Nặc Thu, Nặc Thâm bỏ thành chạy. Chỉ còn một hoàng thân là Nặc Yêm mở thành đầu hàng.
Ở đây phải nói sơ về tình hình hoàng gia Chân Lạp. Giai đoạn này, nhiều hoàng thân từ nhiều nhánh thay phiên nhau làm vua, gây ra tình trạng ông nào cũng thấy mình là con vua nên đều có tính chính thống để kế thừa ngôi báu. Nặc Yêm là một dạng như vậy. Vua Nặc Thu đã cố điều hoà mâu thuẫn bằng cách gả con gái cho Nặc Yêm, nhưng không thành công. Năm 1688, khi Nặc Thu triển khai quân phòng ngự, chính Nặc Yêm là kẻ cấp báo cho chúa Nguyễn Phúc Thái rằng Chân Lạp muốn làm phản.
Chúa Nguyễn Phúc Chu có lẽ cũng hiểu điều đó, nên từ khi Nặc Yêm đầu hàng năm 1700, chúa Nguyễn bắt đầu viện trợ cho ông này. Cùng lúc, cha con vua Nặc Thu, Nặc Thâm, sau nhiều lần đánh chúa Nguyễn không thành, bắt đầu tìm sự viện trợ từ Xiêm La. Từ đó, hoàng gia Chân Lạp chính thức rơi vào cuộc nội chiến tranh ngôi và chiến tranh uỷ nhiệm giữa Xiêm La và chúa Nguyễn chứ không còn là những màn đấu đá hậu trường nữa.
Sự xung đột nội bộ này khiến quyền lực của Chân Lạp trên cả nước nói chung và Nam Bộ nói riêng ngày càng suy yếu và bị bỏ bê, trong khi chúa Minh ngày càng củng cố và thu nạp sự ủng hộ của vùng này. Chúa còn ra lệnh chiêu tập các dân chúng đang sơ tán, chạy loạn bên Chân Lạp trở về Nam Bộ, chia đất cho làm ăn. Chính sách này giúp dân sở tại nhìn rõ sự khác biệt giữa một triều đình hỗn loạn và bất lực, cùng một vị chúa đang ngày càng cường thịnh, có khả năng đảm bảo cho họ một cuộc sống yên ổn.